- Od pytania klinicznego do właściwej próbki
Jak przełożyć decyzję kliniczną, lokalizację zakażenia i fazę choroby na wybór reprezentatywnego materiału, analitu oraz metody mikrobiologicznej.
- Pobieranie, transport i przechowywanie materiału
Jak objętość, aseptyka, podłoże, atmosfera, temperatura, czas i opakowanie zachowują tożsamość, integralność oraz bezpieczeństwo próbki mikrobiologicznej.
- Kontaminacja próbki a rzeczywiste zakażenie
Jak odróżniać zakażenie, kolonizację i kontaminację na podstawie miejsca pobrania, niezależnych próbek, ilości sygnału, gospodarza, kontroli oraz wzorca całego procesu.
- Mikroskopia i barwienie w diagnostyce
Od rozdzielczości, kontrastu i preparatyki przez barwienia Grama, kwasooporne, grzybicze i Giemsy po czułość, artefakty, kontrolę jakości oraz bezpieczne raportowanie obrazu.
- Posiew, kultura czysta i identyfikacja fenotypowa
Jak podłoże, sposób posiewu, atmosfera i inkubacja selekcjonują wzrost oraz jak przejść od kolonii przez kulturę czystą do ostrożnej identyfikacji fenotypowej.
- PCR, qPCR i diagnostyka syndromowa
Od cyklicznej amplifikacji, starterów i sond przez Cq, ekstrakcję oraz kontrolę inhibicji po korzyści i pułapki wielocelowych paneli syndromowych.
- Czułość analityczna, kliniczna, swoistość i wartość predykcyjna
Jak odróżniać LoD od czułości klinicznej, zbudować tabelę 2×2, obliczać PPV, NPV i ilorazy wiarygodności oraz oceniać próg, ROC, bias i użyteczność testu.
Diagnostyka
Przedanalityczna, analityczna i interpretacyjna droga od pytania klinicznego do wiarygodnego wyniku mikrobiologicznego.