Organizacja pracowni

Projektowanie przepływu pracy, dokumentacji i bezpiecznych projektów dydaktycznych lub półprofesjonalnych niskiego ryzyka.

Techniki podstawowe

Podłoża, posiewy, mikroskopia i podstawowe pomiary wyjaśnione jako metody wraz z kontrolami i ograniczeniami.

  • Podłoża ogólne, selektywne, różnicujące i wzbogacające

    Jak skład, forma i funkcja podłoża filtrują obserwowaną populację oraz dlaczego produktywność, selektywność, elektywność i jałowość wymagają oddzielnych kontroli.

  • Izolowanie kolonii a dowód czystości kultury

    Dlaczego odosobniona kolonia nie dowodzi automatycznie pojedynczego założyciela oraz jak łączyć genealogię, morfologię, fenotyp, mikroskopię i dane molekularne w ocenę czystości kultury.

  • Posiew redukcyjny, powierzchniowy, wgłębny i filtracja membranowa

    Porównanie czterech sposobów rozmieszczania i odzyskiwania jednostek tworzących kolonie: od geometrii posiewu przez filtrację i rozcieńczenia po niepewność, granice wykrycia oraz zasady raportowania.

  • Mikroskop jasnego pola, kontrast fazowy i fluorescencja

    Jak jasne pole, kontrast fazowy i fluorescencja przekształcają różne właściwości próbki w obraz oraz jak rozdzielczość, oświetlenie, znaczniki, kamera i artefakty ograniczają interpretację.

  • Spektrofotometria i pomiar gęstości optycznej

    Dlaczego OD zawiesiny jest pomiarem rozpraszania zależnym od komórek i geometrii przyrządu oraz jak kontrolować drogę optyczną, blank, liniowość, mikropłytkę, kalibrację i niepewność.

  • Przechowywanie i transport kultur

    Jak chłodzenie, kriokonserwacja, liofilizacja, bankowanie i transport wpływają na żywotność, stabilność, strukturę populacji oraz identyfikowalność kultur.

Sprzęt podstawowy

Klasy urządzeń i porównania konkretnych modeli używanych w codziennej pracy mikrobiologicznej.

Sprzęt mikrobiologiczny

Urządzenia do ochrony próbki i operatora, hodowli beztlenowej, identyfikacji oraz półautomatycznej diagnostyki.

Sprzęt procesowy

Konkretne bioreaktory, platformy równoległe oraz czujniki do monitorowania hodowli od mikroskali do laboratorium procesowego.

Bioanalityka i jakość

Aparatura do rozdzielania, identyfikacji i obrazowania oraz metrologia zapewniająca wiarygodność wyniku.

  • Chromatografy HPLC: Agilent 1260 Infinity II, Waters Arc i Shimadzu Nexera

    Porównanie zainstalowanej generacji Agilent 1260 Infinity II, bieżącego Waters Arc i rodziny Shimadzu Nexera przez ciśnienie, gradient, dwell volume, dyspersję, autosampler, detektory, biozgodność, transfer metod, CDS i kwalifikację.

  • Chromatografy gazowe: Agilent 8890 i Shimadzu GC-2030

    Porównanie Agilent 8890 i Shimadzu Nexis GC-2030 przez dozowanie split/splitless/PTV, gazy nośne, kolumny, program pieca, FID, TCD, ECD, BID, GC-MS, backflush, diagnostykę, CDS i kwalifikację.

  • Mikroskopy: Olympus BX43, Leica DM i Zeiss Axio — dobór do mikrobiologii

    Dobór mikroskopu prostego do mikrobiologii: Evident BX43, Leica DM1000/DM2000 i ZEISS Axioscope 5 przez aperturę, immersję, Köhlera, phase, darkfield, fluorescencję, kamerę, kodowanie, ergonomię i kwalifikację.

  • Kontrola dodatnia, ujemna, blank i materiał odniesienia

    Projektowanie kontroli całego łańcucha laboratoryjnego: positive, negative, low-positive, blanki od pobrania po aparat, PCR i IAC, hodowla, AST, MALDI, sekwencjonowanie, szczepy referencyjne oraz różnice między QC, RM, CRM i kalibratorem.

  • Powtórzenie techniczne a biologiczne

    Od jednostki eksperymentalnej i obserwacyjnej do poprawnego n: powtórzenia hodowli, dołków, JTK, qPCR, omik, single-cell i mikrobiomu, pseudoreplikacja, repeated measures, pooling, bloki, modele zagnieżdżone, power i raportowanie.

  • Dokładność, precyzja, odzysk, liniowość, LoD i LoQ

    Profil metody od trueness, bias, repeatability i intermediate precision przez recovery, matrix effect, model kalibracyjny i range do LoB, LoD, LoQ, probability detekcji, JTK, MPN, qPCR, dilution integrity i fit-for-purpose.

  • Walidacja i weryfikacja metody

    Od intended use i planu badania do wyboru ścieżki ISO 16140: walidacja własna, verification, comparison i interlaboratory study, matryce, LoD, precision, panele szczepów, software, transfer, zmiany, rewalidacja i utrzymanie validated state.

  • Niepewność wyniku mikrobiologicznego

    Od definicji measurand i GUM do ISO 19036: technical, matrix, distributional i sampling uncertainty, bias, korelacje, skala log, JTK, MPN, qPCR, dPCR, cytometria, wyniki jakościowe, reguły decyzji i raportowanie U.

Diagnostyka

Przedanalityczna, analityczna i interpretacyjna droga od pytania klinicznego do wiarygodnego wyniku mikrobiologicznego.

  • Od pytania klinicznego do właściwej próbki

    Jak przełożyć decyzję kliniczną, lokalizację zakażenia i fazę choroby na wybór reprezentatywnego materiału, analitu oraz metody mikrobiologicznej.

  • Pobieranie, transport i przechowywanie materiału

    Jak objętość, aseptyka, podłoże, atmosfera, temperatura, czas i opakowanie zachowują tożsamość, integralność oraz bezpieczeństwo próbki mikrobiologicznej.

  • Kontaminacja próbki a rzeczywiste zakażenie

    Jak odróżniać zakażenie, kolonizację i kontaminację na podstawie miejsca pobrania, niezależnych próbek, ilości sygnału, gospodarza, kontroli oraz wzorca całego procesu.

  • Mikroskopia i barwienie w diagnostyce

    Od rozdzielczości, kontrastu i preparatyki przez barwienia Grama, kwasooporne, grzybicze i Giemsy po czułość, artefakty, kontrolę jakości oraz bezpieczne raportowanie obrazu.

  • Posiew, kultura czysta i identyfikacja fenotypowa

    Jak podłoże, sposób posiewu, atmosfera i inkubacja selekcjonują wzrost oraz jak przejść od kolonii przez kulturę czystą do ostrożnej identyfikacji fenotypowej.

  • PCR, qPCR i diagnostyka syndromowa

    Od cyklicznej amplifikacji, starterów i sond przez Cq, ekstrakcję oraz kontrolę inhibicji po korzyści i pułapki wielocelowych paneli syndromowych.

  • Czułość analityczna, kliniczna, swoistość i wartość predykcyjna

    Jak odróżniać LoD od czułości klinicznej, zbudować tabelę 2×2, obliczać PPV, NPV i ilorazy wiarygodności oraz oceniać próg, ROC, bias i użyteczność testu.