- Co naprawdę przedstawia krzywa wzrostu populacji
Jak odróżnić sygnał zbiorczy od losu pojedynczej komórki: lag, wzrost wykładniczy, faza stacjonarna, zamieranie, diauksja, μ, czas podwojenia i ograniczenia modeli.
- OD, JTK, liczba komórek i sucha masa — różne miary biomasy
OD jako sygnał rozpraszania, JTK jako zdolność do odrostu, bezpośrednie liczenie komórek i grawimetryczna sucha masa: kalibracja, zakres, odzysk oraz niepewność.
- Temperatura, pH, tlen, zasolenie i ciśnienie jako czynniki wzrostu
Wielowymiarowa nisza fizjologiczna mikroorganizmów: krzywe wzrostu, homeostaza, błony, tlen i redoks, osmoregulacja, piezofilia oraz interakcje stresów.
- ATP, gradient protonowy i bilans redoks
Od energii swobodnej i potencjałów Nernsta przez NADH, ferredoksynę i modułowe łańcuchy elektronowe po siłę protonomotoryczną, obrotową syntazę ATP oraz bilans utrzymania.
- Glikoliza, cykl TCA i centralny metabolizm węgla
EMP, szlak Entnera–Doudoroffa i PPP jako równoległe drogi, węzły pirogronianu i acetylo-CoA, amfiboliczny TCA, anapleroza, obejście glioksalanowe, glukoneogeneza i analiza strumieni ¹³C.
- Oddychanie tlenowe, beztlenowe i fermentacja
Modułowe i rozgałęzione łańcuchy oddechowe, alternatywne akceptory elektronów, rzeczywisty zysk ATP, bilans fermentacji, syntrofia, respirofermentacja oraz pomiar przepływu elektronów.
- Fototrofia, chemolitotrofia, metylotrofia i metabolizm C1
Źródła energii, elektronów i węgla jako niezależne osie: fotosystemy i rodopsyny, chemolitotroficzni donorzy, siedem dróg wiązania CO₂ oraz metanotrofia, RuMP, cykl serynowy i redukcyjny szlak glicynowy.
- Stan stacjonarny, głód, persystencja i śmierć komórek
Stan stacjonarny jako bilans populacji, odpowiedź na głód, hibernacja rybosomów, wzrost kryptyczny, persystencja, stan VBNC oraz sposoby rozróżniania śmierci i przeżycia komórek.
Wzrost i metabolizm
Jak mikroorganizmy pozyskują energię, budują biomasę, reagują na środowisko i tworzą mierzalne populacje.